scVIVA: вероятностная модель для представления клеток и их окружения.

Описание: Portal — это платформа для сообщества, занимающегося применением ИИ в разработке лекарств. Присоединяйтесь, чтобы узнать больше об этом докладе и связаться с докладчиками: https://portal.valencelabs.com/multio...

Доклад: scVIVA: вероятностная структура для представления клеток и их окружения в пространственной транскриптомике

https://www.biorxiv.org/content/10.11...

Аннотация: Пространственная транскриптомика представляет собой значительный шаг вперед по сравнению с исследованиями диссоциированных клеток, поскольку она раскрывает среду, в которой находятся клетки, тем самым открывая путь к более полному описанию их состояния и функций. Однако большинство современных методов встраивания и обнаружения состояний клеток основаны только на собственном профиле экспрессии генов клеток, что повышает необходимость в способах учета и соседних клеток. В данной работе мы представляем scVIVA, глубокую генеративную модель, которая использует как внутриклеточные, так и соседние профили экспрессии генов для получения стохастических вложений клеточных состояний, а также нормализованных профилей экспрессии генов. Мы демонстрируем, что scVIVA создает информативные мелкозернистые разбиения клеток, отражающие как их внутреннее состояние, так и окружающую ткань, и что ее генеративная модель облегчает проверку гипотез о дифференциальной экспрессии между тканевыми нишами. Мы используем эти свойства scVIVA для выявления пространственно ограниченной популяции эндотелиальных клеток, способствующих развитию опухоли при раке молочной железы, и связанных с нишей состояний Т-клеток, общих для многих видов рака. scVIVA доступна в качестве программного обеспечения с открытым исходным кодом на сайте scvi-tools.org.