QuPath v 0.3.2 : Quantitative Pathology & BioImage Analysis

Описание: Présentation Nicolas Goudin,
Necker Bio Image Analysis- Paris
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_________________________________Sommaire et chronologie____________________________________
00:00 -introduction
01:10 - Création d'un projet
02:08 - Ajout d'images au projet
03:12 - Images fluorescente : gestion des channels et ajustements Brightness/Contrast et gamma
05:33 Colorations histologiques : Brightness/ Contrast et déconvolution couleurs
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06:48 - Annotations et Hierarchy
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11:11 - Cell detection : méthode "classique"
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13:23 - Lecture des Measurements
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14:09 - Tissus detection (thresolding)
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14:40 - Cell detection : méthode Deep learning via Stardist
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19:16 - Pixel Classification (Machine learning par labélisation) : Apprentissage lame scannée
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20:50 - Pixel Classification (Machine Learning par labélisation): Apprentissage sur un panel d'images issues de différentes sources
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24:20 - Application de l'apprentissage réalisé

26:28 - Filtrer les objets avec une seule mesure
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28:20 - Object Classification (Machine learning par labélisation des objets)
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31:33 - Pont vers ImageJ
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33:24 - Et bien plus encore...

Stardist annotations : https://github.com/stardist/stardist/
Clustering avec CytoMap : https://forum.image.sc/t/there-and-ba...