[MD-3] Как загрузить сотни лигандов и подготовиться к молекулярному докингу | TrendBiotech

Описание: Пожалуйста, не забудьте сослаться на эту статью, указав использованную методологию.

************************************************
" Фироз А., Талвар П. Роль ассоциированной со смертью протеинкиназы 1 (DAPK1) в дегенеративных заболеваниях сетчатки: подход in-silico к терапевтическому вмешательству. J Biomol Struct Dyn. 2024 июль;42(11):5686-5698. doi: 10.1080/07391102.2023.2227720. Epub 2023 июнь 30. PMID: 37387600."

****************************************************

В этом видео объясняется, как извлекать химические соединения в 3D-структуре из PubChem, разделять их на отдельные SDF-файлы, преобразовывать SDF-файлы в формат PDBQT для требований Autodock, а также используются сочетания клавиш obabel и Ubuntu для упрощения подготовки к процессу молекулярного докинга.


Плейлист с обучающими видео по молекулярному докингу
1. Как установить подсистему Linux в Windows для молекулярного докинга -    • [MD-1] How to Install Linux SubSystem in W...  
2. Подготовка белка для молекулярного докинга -    • [MD-2] Protein Preparation for Molecular D...  
3. Скрининг лигандов и подготовка для молекулярного докинга -    • [MD-3] How to download 100s of Ligands & P...  
4. Молекулярный докинг и анализ на основе скриптов -    • [MD-4] Script based Docking & Analysis usi...  

Ссылки для ознакомления
Pubchem - https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

#подготовкалигандов #autodockvina #TrendBioTech #armanfiroz #исследования #биотехнологии #молекулярныйдокинг #молекулярнаябиология #исследования #autodock #генетика #тренд #биотехнологии | Как подготовить лиганд для Autodock | Установка подсистемы Ubuntu | Учебник по Autodock Vina | Учебник по Pubchem | Как преобразовать SDF в PDBQT | Как преобразовать список SDF в PDBQT | Как разделить SDF на несколько SDF | #открытиелекарств #разработкалекарств #лекарственнаяцель #университетVIT #жизньадока