Структурная биоинформатика РНК в целом и в частности, Баулин Евгений, ИМПБ РАН, 30.05.2020

Описание: Структурная биоинформатика РНК в целом и классификация мотивов третичной структуры РНК в частности. Баулин Евгений, м.н.с. Лаборатории прикладной математики ИМПБ РАН - филиала ИПМ. им. М.В. Келдыша РАН, старший преподаватель Кафедры алгоритмов и технологий программирования ФПМИ МФТИ.

Основными задачами современной биоинформатики РНК являются задачи определения вторичной структуры РНК, поиска РНК-генов и определения пространственной структуры РНК. Для каждой из этих задач разработан ряд методов, как экспериментальных, так и вычислительных, однако универсальных (дешёвых И точных) решений найти пока не удалось. В докладе будет представлен обзор текущего состояния данной области.
Среди имеющихся проблем будет выделено ограничение современных исследований вторичных структур РНК в значительной части только классическими структурами, не содержащими псевдоузлов, т.к. задача предсказания произвольной вторичной структуры РНК является NP-трудной. Как следствие, отсутствует единый язык описания произвольных вторичных структур РНК, в том числе содержащих псевдоузлы, что затрудняет изучение взаимосвязи между вторичной структурой и мотивами третичной структуры. В работах по изучению третичных мотивов либо не рассматривается контекст вторичной структуры, либо рассматриваются только локальные (внутри одной петли) третичные мотивы РНК. В докладе будет описан метод классификации третичных мотивов РНК относительно контекста вторичной структуры на примере мотива А-минор.