Реконструкция крупномасштабной объемной микроскопии для анализа, визуализации и 3D-печати с помощ...

Описание: Реконструкция крупномасштабных объемных микроскопических изображений для анализа, визуализации и 3D-печати с помощью Paintera и Blender | Калеб Халберт, Игорь Сиванович | 18 ноября, на полпути к I2K 2025

Авторы: Калеб Халберт, Janelia; Игорь Сиванович, Janelia

Описание мастер-класса: Paintera — это программное обеспечение для аннотирования на основе JavaFX, предназначенное для плотной разметки произвольно больших объемных 3D-данных, полученных с помощью микроскопии. Основные возможности Paintera включают 2D-рисование и 3D-интерполяцию форм в виртуальных срезах с произвольной ориентацией, многомасштабную обработку как исходных данных, так и меток, а также генерацию многомасштабных сеток в режиме реального времени с адаптивным уровнем детализации. Сегментации могут быть экспортированы в виде сеток и дополнительно уточнены в Blender. Paintera поддерживает локальные и удаленные наборы данных в форматах N5, Zarr или HDF5 и построена на основе библиотек Imglib2 и BigDataViewer.


Целевая аудитория: начинающие пользователи, пользователи среднего уровня

Ключевые слова: 3D-аннотирование, плотная разметка, генерация сетки, Segment Anything, SAM, произвольное пересечение срезов, многомасштабность, N5, Zarr, HDF5, JavaFX, сегментация объема, интерполяция формы, адаптивный уровень детализации, коннектомика, проверка орфографии, Imglib2, BigDataViewer