Автоматические системы аннотирования в UniProt по умолчанию

Описание: UniProt — это высококачественный, всеобъемлющий ресурс по белкам, основная деятельность которого заключается в экспертной оценке и аннотировании белков, функция которых была экспериментально исследована. В то же время база данных UniProt содержит большое количество белков, существование которых прогнозируется на основе генных моделей, но для которых отсутствуют экспериментальные данные, подтверждающие их функцию. UniProt выделяет значительные ресурсы на разработку вычислительных методов функциональной аннотации этих прогнозируемых белков на основе данных из записей, прошедших экспертную оценку.

Мы опишем две основные автоматизированные системы аннотирования, используемые в настоящее время. Во-первых, UniRule — это устоявшаяся система UniProt, в которой кураторы вручную разрабатывают правила аннотирования. Во-вторых, ARBA (Association-Rule-Based Annotator) — это система многоклассового обучения, использующая методы поиска правил для генерации кратких моделей аннотирования. ARBA использует алгоритм исключения данных, который отсеивает данные, непригодные для вычислительной аннотации, и генерирует удобочитаемые правила для каждого выпуска UniProt. В рамках нашего интереса к взаимодействию с сообществом машинного обучения мы также представим вклад ProtNLM (Protein Natural Language Model) от Google Research, которая аннотирует белки с «нехарактеризованными» названиями.

Мы также представим UniFIRE, программное обеспечение с открытым исходным кодом, которое позволяет исследователям аннотировать собственные наборы данных белков, используя вышеупомянутые системы аннотирования. Для обеспечения простого и удобного способа загрузки и настройки этого инструмента мы контейнеризировали UniFIRE вместе со всеми его зависимостями и последним набором правил UniRule и ARBA. На этом вебинаре мы покажем, как создавать функциональные прогнозы для последовательностей белков, используя этот образ контейнера.

Для кого предназначен этот курс?
Этот вебинар предназначен для ученых на любом этапе карьеры, заинтересованных в использовании UniProt, а также для пользователей UniProt, желающих расширить свои знания о базе данных и веб-сайте. Понимание биологии на уровне бакалавриата будет полезным.

Результаты
К концу вебинара вы сможете:
Вспомнить роль двух основных систем автоматизированного аннотирования UniProt
Описать принцип работы UniRule и ARBA
Начать использование этих систем автоматизированного аннотирования