Автоматизация рабочих процессов с помощью скриптов

Описание: В этом занятии будет продемонстрировано, как использовать вкладку «Рабочий процесс» в QuPath для автоматизации анализа изображений. Участники научатся преобразовывать историю ручных действий в воспроизводимый скрипт Groovy, который можно последовательно применять ко всему проекту.

Что вы узнаете:
☑️ Механизм рабочих процессов: как QuPath записывает ваши параметры, чтобы вам никогда не приходилось гадать, какие настройки вы использовали.

☑️ Создание скриптов: преобразование истории автоматизированных действий в профессиональный конвейер анализа.

☑️ Выполнение в масштабе проекта: использование функции «Запустить для проекта» для обработки сотен слайдов, пока вы отошли от рабочего стола.

☑️ Воспроизводимые научные данные: как превратить ваши скрипты в дополнительные файлы для публикации.

00:00 - Введение во вкладку «Рабочий процесс»
01:31 - Использование истории рабочих процессов для составления отчетов по методам
02:28 - Создание и очистка рабочего процесса
03:54 - Удаление избыточных командных строк
04:45 - Преобразование рабочих процессов в скрипты Groovy
06:27 - Структурирование скрипта: настройка типов изображений
07:56 - Выбор аннотаций с помощью скриптов
09:12 - Скриптирование обнаружения с помощью ИИ (InstanSeg)
10:17 - Скриптирование обнаружения стандартного водораздела
11:29 - Обнаружение и классификация секвенирования
13:13 - Сохранение скриптов в папку проекта
15:15 - Очистка изображений для нового запуска скрипта
16:28 - Устранение ошибок скриптов
17:42 - Исправление проблем с путями InstanSeg (Windows/Mac)
21:10 - Использование форума Image.sc для получения помощи
24:08 - Пакетная обработка: окно «Запустить для проекта»
25:24 - Проверка: анализ результатов автоматической обработки
27:42 - Оперативная память против диска: важность сохранения данных
29:05 - Зачем автоматизировать? Воспроизводимость и эффективность
30:50 - Выход за рамки графического интерфейса пользователя с помощью Groovy
32:26 - Ресурсы для написания скриптов

Ресурсы:
Пошаговые инструкции:
https://saramcardle.github.io/FS2K/Se...

Документация QuPath по расширенному написанию скриптов:
https://qupath.github.io/javadoc/docs/

Веб-сайт ImageScientist:
https://www.imagescientist.com/image-...

Загрузить данные и резервные копии проектов можно здесь:
https://drive.google.com/drive/u/0/fo...